El proyecto del Tren Maya ha causado daños significativos en diversas cuevas y cenotes en la región. Un ejemplo notable es la cueva «La Pozita», que era el hogar del murciélago orejón brasileño, una especie que habita en Centro y Sudamérica. Esta cueva, localizada en el Tramo 5 sur del Tren Maya, ha visto su entrada completamente bloqueada debido a la construcción del megaproyecto, un daño visible e irreversible.
La cueva «La Pozita» fue descubierta en julio de 2023 por el activista medioambiental Elias Siebenborn, quien documentó su existencia con un GPS y registró las especies que la habitaban. Este descubrimiento reveló un problema mayor: el sistema de cavernas que atraviesa los tramos 5 sur y norte del Tren Maya está siendo severamente afectado. Según el espeleólogo Guillermo DChristy, aproximadamente 120 cuevas han sufrido daños, incluyendo derrames de concreto, destrucción, aplastamiento y relleno.
Guillermo DChristy explicó que las cuevas no se están destruyendo con dinamita, sino con taladros neumáticos que derrumban los techos hasta colapsarlos. Posteriormente, se añade más material pétreo y se compacta el suelo con maquinaria pesada. Esta técnica ha resultado en la obstrucción completa de muchas cuevas, como ocurrió con «La Pozita».
El 11 de mayo, activistas exhibieron el resultado de la limpieza de concreto derramado en una de las cuevas del sistema subterráneo, insistiendo en que el daño es irreversible. La Procuraduría Federal de Protección al Ambiente (PROFEPA) reconoció los daños en cinco cuevas, incluyendo Garra del Jaguar, Oppenhermer, Manitas y Dos Balas, causados por perforaciones para los pilotes del viaducto elevado del Tramo 5 sur.
En febrero, el Juzgado Primero de Distrito en Yucatán ordenó la suspensión definitiva de las obras en el Tramo 5 sur del Tren Maya debido al posible hundimiento del proyecto y otros factores como la falta de cambio de uso de suelo. Además, el espeleólogo Guillermo DChristy destacó que los pilotes que perforan las cavernas y cenotes no fueron contemplados en la Manifestación de Impacto Ambiental (MIA).
A principios de mayo, el colectivo ambientalista Selvame del Tren denunció un derrame de concreto en el manglar de la Laguna Nichupté en Cancún. Aunque las autoridades negaron que se tratara de cemento, los activistas continúan investigando el incidente. Guillermo DChristy criticó la presencia de una perforadora en el manglar, señalando que no debería haber residuos de cemento en esa área.
El impacto ambiental del Tren Maya ha generado una grave preocupación entre activistas y expertos. La destrucción de cuevas y cenotes no solo afecta a especies como el murciélago orejón brasileño, sino que también representa un daño irreparable al ecosistema subterráneo. A pesar de las suspensiones judiciales, los activistas continúan luchando por la preservación del medio ambiente y la transparencia en la ejecución de este megaproyecto.
